CONGES

24 Février 2026 , Rédigé par FO Services Publics 51

Congés annuels non pris en raison d'un congé maladie : les fonctionnaires ont droit à une indemnisation sur la base du plein traitement

Par un arrêt du 10 février dernier, la Cour administrative d’appel de Nantes a rappelé que pour les agents publics en congé longue maladie, l’indemnité compensatrice devait être calculée sur la base d’un plein traitement, même si l’agent percevait un demi‑traitement.

Le plein traitement reste la base. C’est ce que rappelle la Cour administrative de Nantes par son arrêt du 10 février. Tout commence en octobre 2020, lorsqu’une fonctionnaire territoriale en détachement à l’Office français de la biodiversité avait été placée en congé de longue maladie. Par une réclamation du 24 janvier 2024, elle avait demandé à l’Office français de la biodiversité le versement d’une indemnité représentative des jours de congé annuel qu’elle n’avait pas été en mesure de prendre en 2022 et 2023. En raison de son placement en congé de maladie puis de la fin de son détachement, le report des congés annuels non pris n’avait matériellement pas été possible. En conséquence, elle demandait une indemnité compensatrice. Le tribunal administratif de Rennes, par une ordonnance du 2 août 2024, limitait l’indemnisation à 1 920 euros. La Cour administrative d’appel a, elle, augmenté cette provision, en condamnant l’Office français de la biodiversité à verser à la requérante 3 200 euros bruts. Cette somme étant équivalente aux trente‑trois jours de congés non pris par la requérante entre 2022 et 2023.

Le droit européen protecteur du droit aux congés.

Face à l’absence de dispositions législatives ou réglementaires, le juge s’appuie sur les directives européennes, pour considérer qu’un agent public n’ayant pas pu prendre ses congés maladie doit pouvoir conserver ses droits et être indemnisé en situation de fin de relation de travail. En augmentant la provision de la requérante, la juridiction du second degré rappelle en effet l’article 7 de la directive 2003/88/CE, tel qu’interprété par la Cour de justice de l’Union européenne, notamment dans les arrêts Schultz‑Hoff et Fraport.

Ces arrêts rappellent en effet, que “le droit au congé annuel payé qu’un travailleur n’a pas pu exercer pendant une certaine période parce qu’il était placé en congé de maladie, en congé de maternité, en congé de paternité et d’accueil de l’enfant ou en congé d’adoption pendant tout ou partie de la période en cause, ne peut s’éteindre à l’expiration de celle‑ci et que le travailleur qui n’a pu, pour cette raison, exercer son droit au congé annuel payé a droit à une indemnité financière en fin de relation de travail”.

Dans ce cas précis, le cœur du litige portait sur la base du calcul indemnitaire. Contrairement au tribunal administratif, la cour administrative d’appel a considéré que la valeur de l’indemnité doit pouvoir s’évaluer sur la base d’une rémunération normale. La base du calcul est la somme que l’agent public aurait perçue en activité, et non celle du demi‑traitement effectivement versé au cours du congé maladie. En retenant un plein traitement pour le calcul des 33 jours dus, la juridiction rappelle la portée du droit au congé annuel payé dans la fonction publique et confirme que cette créance n’est pas contestable.

ACTEURS PUBLICS : Article publié le jeudi 19 février 2026 & Carla SPODEK

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