Congés maladie dans la fonction publique : les règles changent

8 Septembre 2026 , Rédigé par FO Services Publics 51

Édition du lundi 7 septembre 2026

Un décret paru au mois de juillet modifie en profondeur les règles régissant les arrêts de travail dans la fonction publique, pour les aligner sur les nouvelles dispositions en vigueur dans le privé. La plupart de ces nouvelles règles sont entrées en vigueur au 1er septembre.

Par Franck Lemarc

La loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 a modifié les règles s’appliquant aux salariés affiliés au régime général de la Sécurité sociale en matière d’arrêts maladie. Par un décret publié au Journal officiel du 31 juillet, le gouvernement a transposé ces règles dans la fonction publique.

Certificat d’arrêt de travail sécurisé, plafonnement de la durée des arrêts, temps partiel thérapeutique, modalités de contrôle… Ce sont de nombreux sujets qui entrent dans le champ du décret du 30 juillet, avec des modifications dont l’entrée en vigueur s’échelonne entre le 31 juillet dernier et le 1er janvier 2028.

Arrêts de travail et contrôles

Les arrêts de travail pour raison de santé sont désormais soumis à une nouvelle procédure. Premier point à retenir : le formulaire Cerfa devient obligatoire, alors que ce n’était pas le cas auparavant dans la fonction publique. Il s’agit du nouveau formulaire sécurisé en vigueur depuis l’an dernier, destiné à lutter contre les fraudes, qui contient des points d’authentification (étiquette holographique, encre magnétique, etc.). Depuis le 1er septembre, un agent à qui son médecin prescrit un arrêt se verra remettre ce formulaire sécurisé, et devra envoyer les volets 2 et 3 à l’administration.

Le deuxième changement concerne la durée des arrêts. Là encore les mêmes règles que dans le privé s’appliquent maintenant. Auparavant, les congés de longue maladie (CLM) et congés de longue durée (CLD) étaient accordés par périodes de 3 à 6 mois. Depuis le 1er septembre, l’arrêt initial est limité à un mois et le renouvellement à deux mois. Par dérogation et sur avis médical, certains arrêts de six mois pourront toutefois être présentés en cas de pathologie grave.

Une plaquette de présentation de la réforme publiée par le gouvernement indique également que l’interdiction de tout travail rémunéré, qui ne s’appliquait jusqu’à présent qu’aux agents en CLM ou CLD, est désormais étendue aux agents en congé de maladie ordinaire (CMO).

Le décret impose également que la prolongation d’un arrêt ne peut plus être prescrite par un autre médecin que celui qui a prescrit l’avis initial (sauf cas justifiés comme l’arrêt d’activité du médecin), sous peine de suspension du versement des indemnités journalières.

Une nouvelle procédure de contrôle à domicile, similaire à celle qui existe dans le privé, est maintenant autorisée dans la fonction publique. Pour la fonction publique territoriale, il est précisé dans le décret que « l’autorité territoriale peut faire procéder au contrôle administratif de l'arrêt de travail du fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée par toute personne dûment habilitée à cet effet. Ce contrôle porte sur la présence du fonctionnaire à son domicile, ou à son lieu de repos s'il est différent, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire. » En cas d’absence injustifiée du fonctionnaire ou du refus de contrôle, la rémunération est suspendue jusqu’à la fin de l’arrêt de travail.

Temps partiel thérapeutique

Concernant le temps partiel thérapeutique (TPT), les règles ont changé depuis le 1er août, non sur les quotités de travail possibles, la rémunération ou la durée, mais sur la procédure de décision.

Essentiellement, il faut retenir qu’auparavant, le TPT était accordé et renouvelé par périodes d’un à trois mois dans la limite d’un an. Désormais, il n’y a plus d’obligation de renouvellement tous les un à trois mois : « La durée peut être adaptée directement à la situation de l’agent, toujours dans la limite d’un an », explique le ministère chargé de la Fonction publique. Il est maintenant obligatoire, pour l’employeur, de répondre à la demande de TPT « au plus tard le jour de la reprise », lorsque la demande fait suite à un CLM ou un CLD. Dans les autres cas, la réponse doit intervenir dans les 30 jours maximum suivant la réception de la demande.

Autres changements : alors qu’avant un examen par un médecin agréé était obligatoire dès que le TPT dépassait trois mois, l’employeur peut non seulement faire examiner l’agent par un médecin agréé dès réception de la demande, mais également, par la suite, demander un examen « à tout moment ». Si l’agent refuse l’examen demandé pendant l’instruction de la demande, celle-ci est réputée abandonnée et la procédure s’arrête.

Et surtout, les employeurs ont désormais la faculté de refuser eux-mêmes une demande de TPT, pour des raisons liées aux nécessités de service – ce que les employeurs territoriaux n’ont jamais demandé. Dans ce cas, un entretien doit avoir lieu avec l’agent. Attention, les employeurs n’ont aucun droit de refuser le TPT sur la base de l’appréciation de l’opportunité médicale : dans ce domaine, seul l’avis du médecin agréé peut être pris en compte.

De façon générale, les employeurs territoriaux ont, lors de l’examen de ce texte dans les diverses commissions consultatives, regretté de ne pas avoir été réellement associés à son élaboration. Ils ont eu l’occasion de faire remarquer que les dispositions qui concernent notamment le temps partiel thérapeutique étaient peu adaptées aux spécificités de la fonction publique territoriale, où les agents ont très fréquemment des employeurs multiples. Certaines de ces mesures devraient être retravaillées et précisées dans une circulaire d’application spécifique à la fonction publique territoriale.

Source : MAIREinfo

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