RÉGLEMENTATION

31 Juillet 2025 , Rédigé par FO Services Publics 51

Arrêts maladie : la justice rappelle à l’ordre les collectivités sur l’indemnisation des fonctionnaires

Le juge des référés du tribunal administratif de Toulouse vient de suspendre la délibération par laquelle une commune avait décidé de maintenir l'intégralité de la rémunération de ses agents en arrêt maladie. Contrairement à ce qu'espéraient plusieurs élus locaux, la justice estime en effet que le principe de libre administration ne permet pas aux collectivités de s'affranchir de la loi de finances pour 2025, qui a abaissé cette indemnisation de 100 à 90 %.

La justice a tranché : malgré le principe de libre administration des collectivités, les employeurs territoriaux n’ont pas la possibilité de maintenir à 100 % la rémunération de leurs agents en arrêt maladie de courte durée. Alors que plusieurs conseils municipaux avaient voté un vœu en ce sens, le tribunal administratif de Toulouse a en effet jugé que les collectivités ne pouvaient s’affranchir de la loi de finances de 2025 et de ses textes d’application, qui ont abaissé de 100 à 90 % l’indemnisation des agents publics durant leurs congés de maladie ordinaire (CMO), c’est‑à‑dire ceux de trois jours maximums.

C’est le préfet de Haute‑Garonne qui avait décidé de saisir la justice. Par un déféré enregistré en mai dernier, ce représentant de l’État avait en effet demandé au juge des référés du tribunal administratif de Toulouse de suspendre l’exécution d’une délibération par laquelle le conseil municipal de Castanet‑Tolosan a décidé le maintien de l’intégralité du traitement de ses agents en arrêt maladie.

Hiérarchie des normes en question

“Ni la loi de finances pour 2025, ni les décrets applicables aux agents publics contractuels, ne donnent compétence aux organes délibérants des collectivités et de leurs établissements publics pour déterminer le pourcentage de traitement maintenu au fonctionnaire pendant les trois premiers mois d’un congé de maladie ordinaire”, expliquait le préfet. À ses yeux, le conseil municipal de Castanet‑Tolosan était donc “incompétent” pour adopter la délibération contestée. Cette disposition, ajoutait‑il, “est contraire à la hiérarchie des normes alors que le principe de libre administration des collectivités territoriales s’applique dans le respect des lois et règlements”. Le préfet pointait aussi une méconnaissance du principe de parité entre les fonctions publiques d’État et territoriale.

En défense, la commune affirmait que son conseil municipal avait “une compétence d’initiative et d’organisation en matière de gestion du personnel” et disposait en ce sens “d’une marge d’appréciation pour améliorer la protection sociale de ses agents et compléter les garanties statutaires en ce qui concerne les dispositifs de maintien de rémunération”. Selon elle, sa délibération ne méconnaissait pas la hiérarchie des normes, et respectait bien le principe de la libre administration des collectivités territoriales.

La libre administration ne permet pas tout

Le maintien de l’intégralité du traitement “constitue une adaptation locale permise par la libre administration des collectivités territoriales qui disposent d’une certaine autonomie pour adapter les dispositifs applicables à leurs agents”, abondait la commune de Castanet‑Tolosan. Autant d’arguments que le juge des référés rejette aujourd’hui.

Certes, explique‑t‑il dans son ordonnance rendue le 15 juillet, l’assemblée délibérante d’une collectivité territoriale “est compétente pour fixer les règles générales d’organisation des services et, de manière générale, pour prendre toutes les mesures portant sur la définition des missions remplies par les services de la collectivité territoriale”. Une collectivité, néanmoins, “ne peut légalement instituer pour ses agents un régime de rémunération plus favorable que celui prévu par la loi”. Et ce, donc, notamment, en maintenant l’intégralité du traitement des fonctionnaires et agents publics pendant les trois premiers mois d’un congé de maladie ordinaire.

Pour le juge, le moyen tiré de la méconnaissance de la loi de finances pour 2025 apparaît comme “propre à créer un doute sérieux quant à la légalité de la délibération contestée “. Jusqu’à ce qu’il soit statué au fond sur sa légalité, le juge des référés suspend donc la délibération par laquelle la commune de Castanet‑Tolosan a décidé de maintenir l’intégralité du traitement de ses agents en arrêt maladie.

ACTEURS PUBLICS : Article publié le lundi 21 juillet 2025 & Bastien SCORDIA

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